Основная специализация профессора Шеп: диагностическая и интервенционная терапевтическая эндоскопия, фотодинамическая терапия, капсульная энтероскопия, двушарная эндоскопии, радиочастотная абляция, контрастные вещества и эгдосонография, функциональная диагностика (PH-измерения, манометрия), заведующий онкологической клиники по лечению опухоли желудочно-кишечного тракта, брюшной полости.

Директор компетентного центра по дисфагии и дисфункции тазового дна и центра рака кишечника (сертифицирован Немецкой Ассоциацией Лечения Рака).